Asgari geçim indirimi uygulamasında Asgari geçim indirimi bordrosunun düzenlenmesine gerekmektedir. Bordrolar işverenler tarafından düzenlenmektedir. İşverenler, kendilerinde mevcut medeni durum ve çocuk sayısı ile ilgili bilgiler doğrultusunda, her yıl Ocak ayı itibariyle Asgari Geçim İndirimine Ait Bordroyu düzenleyeceklerdir. Her bir ücretlinin yararlanacağı asgari geçim indirimi ayrı ayrı hesaplanarak bu bordroda ilgili aya ait sütunda gösterilecektir. Yıl içerisinde meydana gelen değişiklikler için ayrı bir bordro düzenlenebileceği gibi değişiklikler aynı bordro üzerinde de gösterilebilecektir. Bordro işveren nezdinde muhafaza edilecek olup, istendiği takdirde yetkililere ibraz edilecektir.

Belediyeler asgari geçim indirimi tutarını düzenledikleri muhtasar beyanname ile gelir vergisinden mahsup edeceklerdir. Belediyeler, mevcut bilgilere göre hesaplanan yıllık asgari geçim indirimi tutarının her aya isabet eden kısmını, ücret üzerinden hesaplanan gelir vergisinden mahsup edilecektir.

Ücretliye yansıtılacak tutar ücret ödemesinin yapıldığı dönemde ücret bordrosunda açılan “Asgari Geçim İndirimi” satırında gösterilecek ve işveren tarafından ilgili aya ilişkin verilecek muhtasar beyannamede tevkif suretiyle kesilen vergiler toplamından mahsup edilerek kalan tevkifat tutarı ödenecektir.

Mahsup edilecek asgari geçim indirimi, ücretlinin o aydaki ücretinden kesilen gelir vergisinden fazla olamayacaktır. Aşması halinde ise aşan kısım için herhangi bir iade uygulaması yapılmayacaktır.

Muhtasar beyanname üzerinde asgari geçim indirimi tutarının mahsup edilebilmesi için, söz konusu tutarın mutlak suretle ücretlilere ödenmiş olması gerekmektedir. Ücretlilere ödenmeyen tutarların mahsup edilmesi halinde bu tutar işverenlerce muhtasar beyanname üzerinden eksik beyan edilmiş ve ödenmemiş gelir vergisi tevkifatı olarak addolunacaktır.

Üç aylık dönemler halinde muhtasar beyanname veren işverenler de her yılın Ocak ayından itibaren asgari geçim indirimi tutarını her ay ücret ödemesi sırasında ücretliye peşin olarak ödeyeceklerdir. Örneğin, Ocak-Şubat-Mart dönemine ilişkin asgari geçim indirimi tutarı,  Nisan ayında verilecek muhtasar beyannamede mahsup konusu yapılacaktır.

Belediyede asgari geçim indiriminin muhasebeleştirilmesinin ise özel gider indiriminden pek farklı olmadığı düşünülmektedir.